A l’âge de 13 ans, il livra son premier duel contre Arima Kigei Samurai de l’école Shinto, qu'il tua à l’aide d’un bâton. A 17 ans il quitta son village pour la  bataille de Sekigahara (1600), le Shogun Toyotomi Hideyoshi était mort en 1798, Tokugawa Ieyasu un de ses généraux ne reconnut pas la légitimité du fils de Hideyoshi et forma une armée pour devenir Shogun. Le Japon se retrouva divisé en deux camps, les partisans du clan Toyotomi et ceux du clan Tokugawa, Musashi combattit dans les rangs de l’armée des Toyotomi. La bataille de Sekigahara marqua le tournant de l’unification du Japon, Tokugawa Ieyasu remporta la victoire et devint Shogun en 1603, il installa sa capitale à Edo (actuelle Tokyo).

Après cette bataille, il prit le nom de guerre de Miyamoto Musashi du nom de son village natal Miyamoto, Musashi est la prononciation chinoise de son prénom Takezo. Il devint un Ronin (littéralement homme de la vague) un Samurai sans maître et parcourut le Japon pour perfectionner son art.

A 21 ans Musashi arriva à Kyoto la capitale impériale, la famille Yoshioka était connue comme les meilleurs escrimeurs de Kyoto, ils étaient les maîtres d’armes de l’ancienne famille shogunale Ashikaga. Le père de Musashi avait déjà combattu les membres de cette famille et avait remporté deux duels contre eux. C’est sans doute pour cela que Musashi décida de combattre cette famille. Son premier duel fut contre le chef de famille Yoshioka Seijiro, il eut lieu dans la lande au dehors de la ville. Seijiro était armé d’un véritable sabre, Musashi armé que d’un Boken frappa le premier, Seijiro se retrouva à terre gravement blessé. Ses disciples le ramenèrent chez lui pour le soigner. Humilié, il se retira de la pratique du sabre et se rasa son chignon de Samurai.

Le jeune frère de Seijiro, Denshichiro provoqua Musashi en duel. Musashi, pour l’irriter, arriva en retard au rendez vous. Après quelques secondes il brisa le crane de Denshichiro avec son sabre de bois.

La famille Yoshioka demanda un autre duel, le fils de Seijuro, Matashichiro accompagné de plusieurs élèves de l’école donnèrent rendez-vous à Musashi près du pin de Ichijoji dans la banlieue Nord de Kyoto. Alors que Musashi partit pour le duel très tôt à l’aube car cette fois il voulait arriver en avance, il vit un sanctuaire sur le chemin. Alors qu’il était près à s’incliner devant l’autel pour prier pour sa victoire, il se rendit compte qu’il n’avait jamais cru en Bouddha. Et que le fait qu’il risquât sa vie lors de ce duel l’avait poussé à espérer son aide. Honteux de ce manque de courage, il quitta le temple. Plut tard il prônait comme principe : «  Il faut vénérer les Bouddhas et divinités. Mais ne pas compter sur eux. ».

Lorsqu’il arriva au pin, il se dissimula en attendant l’arrivée des Yoshioka. A leur arrivée, ils se moquèrent en pensant que Musashi était encore une fois en retard, à ce moment là il surgit hors des buissons et pourfendit Matashichiro avant que celui-ci put tirer son sabre. Le reste de la troupe tenta de tirer des flèches sur lui mais il réussit à les esquiver et fonça sur eux avec son sabre; pris de panique ils s’enfuirent.

La même année il se rendit au temple du Hozoin à Nara, ce temple était spécialisé dans le maniement de la lance. Il combattit un moine de la secte Nichiren, élève du maître zen Hoin Inei, grand expert à la lance. Par deux fois, il le vainquit avec son sabre en bois court. Musashi demeura quelques temps au temple où il s’entraîna et discuta avec les prêtres.

Dans la province de Iga, province réputée pour ses clans Ninja, Musashi combattit Shishido Baikin, spécialiste de la Kusarigama (cette arme utilisée souvent par les Ninja est composée d’une faucille où une chaîne est attachée à la poignée et lestée par une boule, c’est une arme très dangereuse celui qui la manie tente d’immobiliser son adversaire ou son arme avec sa chaîne ou de lui briser le crâne avec la boule, la faucille servant à pourfendre son adversaire une fois à portée). Alors qu’il faisait tournoyer sa chaîne, Musashi le prit de vitesse, dégaina son Tanto (poignard) et lui transperça le cœur. Les élèves de Shishido attaquèrent Musashi, mais il les fit fuir.

Puis Musashi arriva à Edo, la nouvelle capitale de Shogun. Muso Gonnosuke lui proposa un duel contre lui, au sabre de bois. Musashi était en train de tailler un morceau de bois pour en faire un arc, il accepta le duel et se mit en garde avec le maigre bâton qu’il avait taillé, Gonnosuke se lança sur lui, mais Musashi le terrassa d’un seul coup. Après cette défaite, Gonnosuke inventa une technique de combat au bâton qui deviendra plus tard le Jodo.

Le duel le plus célèbre de Musashi eu lieu en 1612 alors qu’il avait 29 ans, après avoir voyagé dans le pays et combattu bon nombre de Kenshi (escrimeur) il se rendit à Kokura sur l’île de  Kyushu. Le seigneur de cette province avait comme maître d’armes le célèbre Sasaki Kojiro Ganryû qui à 18 ans avait déjà créé son propre style le Ganryû et utilisait comme arme un sabre nommée «perche de séchage» à cause de sa longueur exceptionnel. Dans cette ville Musashi connaissait bien Nagaoka Sado qui était élève de son père, il lui demanda d’intervenir auprès du seigneur afin qu’il organise un combat entre Ganryû et lui. Le seigneur accepta, le combat devait avoir lieu le lendemain à huit heures sur une île déserte loin des regards indiscrets, l’île de Mukô-jima qui est située entre l’île de Hondo et de Kyushu, de nos jours cette île s’appelle Ganryû-jima.

La nuit avant le duel Musashi disparut, une rumeur se répandit qu’il avait eu peur de Kojiro. Sado pensait qu’il se trouvait à Shimonoseki et lui dépêcha un messager. En effet Musashi était chez un commerçant de la ville de Shimonoseki, il avait préféré ne pas rester chez Sado pour que celui ci n’ait pas de problème avec son seigneur.

Le lendemain matin, alors que le soleil était bien haut dans le ciel, Musashi n’était pas encore levé, on envoya un messager pour le chercher. Musashi fit sa toilette et prit son petit déjeuner. Il demanda une rame avec laquelle, il se fabriqua un sabre de bois. Musashi revêtit un Kimono de soie avec pardessus une veste de coton et embarqua dans une barque prêtée par le commerçant et manœuvrée par un de ses serviteurs. Durant la traversée, Musashi confectionna une corde en papier pour attacher les manches de son Kimono qu’il avait remonté sur ses épaules. Il se reposa en attendant d’arriver sur l’île.  
Il était plus de dix heures lorsque la barque accosta, il stoppa son embarcation à quelques mètres de la plage, et y laissa la veste et son vrai sabre. Il pris son sabre de bois et pieds nus il sauta dans l’eau peu profonde et attacha un serviette autour de sa tête.  
Kojiro était déjà présent, ainsi qu’un service d’ordre qui devait assister au duel. Sasaki Kojiro était revêtu d’une veste rouge sans manches et d’un Hakama de cuir et portait des sandales de paille. Armé de sa « perche de séchage » il attendait Musashi avec impatience, furieux en le voyant arriver, il courut à sa rencontre jusqu’au bord de l’eau. Il cria :  
-« Je suis arrivé avant l’heure ! Pourquoi es-tu en retard ? Ah ! Tu as peur ! »
Alors Kojiro dégaina son sabre et de colère jeta son fourreau dans l’eau. Musashi se mit à rire et cria :
-« Kojiro tu as perdu. Comment un vainqueur pourrait-il jeter son fourreau ? »  
Kojiro visa le front de Musashi, aussitôt Musashi abaissa son sabre de bois sur la tête de Kojiro qui s’effondra. La pointe du sabre de Kojiro avait peut être atteint la serviette que Musashi portait sur la tête, car elle se sépara en deux et tomba par terre. Musashi réarma son sabre de bois au-dessus de sa tête pour frapper à nouveau, alors que Kojiro qui achevait de s’effondrer projeta son sabre horizontalement. Le sabre trancha le Kimono de Musashi au niveau des genoux. A ce moment-là, le second coup de Musashi atteint Kojiro à la poitrine. Sa respiration s’arrêta et du sang coula de son nez et de sa bouche. Musashi posa son sabre et vint poser sa main devant la bouche et le nez de son adversaire pour constater que sa respiration s’était arrêtée. Il reprit son sabre, salua de loin le service d’ordre, il quitta l’île sur son embarcation.
De retour à Shimonoseki il envoya une lettre de remerciement au seigneur. Sasaki Kojiro Ganryû avait alors 18 ans. C’était un grand escrimeur et Musashi lui-même le regretta beaucoup.

Le Niten ki relate un épisode intéressant de ce duel, vers la fin de sa vie Musashi participé à une réunion, un seigneur lui demanda :  
- «  Il paraît qu’au cours du combat que vous avez soutenu contre Ganryû jadis, il vous toucha le premier. Est-ce vrai ? »  
Saisissant une lampe, Musashi vint se placer contre les genoux du seigneur et lui dit :
- « Enfant, j’ai souffert d’une enflure de la tête et depuis je n’ai jamais pu me coiffer comme les autres ni faire un chignon. C’est pourquoi je laisse mes cheveux tomber sur mes épaules. Lorsque j’ai combattu Ganryû il portait un vrai sabre, et moi un sabre de bois. Si lui m’avait touché le premier avec son vrai sabre, je devrais en porter la trace. Regardez bien. »  
De sa main gauche, Musashi approche alors la lumière de son crâne en écartant ses cheveux avec sa main droite et en flanquant sa tête sous le nez du seigneur. Celui-ci recula en disant :  
- « Je ne vois aucune trace. »
- « Regardez bien encore. »
- « J’ai bien regardé. »  
Alors Musashi regagna sa place aussi calme qu’auparavant. Tous les Samurai qui était la réunion en avait les mains moites et la respiration coupée. Le seigneur déclarera plus tard : «C’est la plus grande gaffe de toute ma vie. »

A la fin de sa vie Musashi affirmait dans le Gorin no Sho, qu’entre 13 et 29 ans, il avait soutenu près d’une soixantaine de duels, qu’il a tous remportés. Deux ans plus tard, alors que Musashi avait 31 ans, le château d’Osaka fût assiégé par le clan Tokugawa. Il semble que Musashi ait participé à la défense du château du clan Toyotomi, bien qu’aucun texte soit formel sur ce fait.

Jusqu’à l’âge de 51 ans, la vie de Musashi est mal connue, il continua à voyager à travers le Japon afin de perfectionner son art dans le maniement du sabre. On sait qu'il créât des écoles d’escrime dans la province Owari et Izumo. Musashi avait créé une technique d’escrime aux deux sabres le Katana et le Wakisashi.  
On dit que Musashi inventa cette technique en voyant un joueur de Taiko (tambour japonais) frapper avec deux baguettes sur son tambour, mais qu’un seul son en sortait. Musashi comprit qu’il en était de même avec les deux sabres qu’il fallait utiliser comme s’il ne s’agissait que d’un seul. Son école se nomme Niten ryû, ce qui veut dire école des deux cieux. De plus son école visait aussi à la connaissance de la tactique, tactique entre deux hommes en duel, aussi bien que entre deux armées sur un champ de bataille.  

Toute sa vie Musashi resta célibataire, mais il adopta un enfant. C’était un orphelin qu’il rencontra durant ses pérégrinations, il l’adopta et le prit pour élève, il le renomma Miyamoto Iori.
Arrivé à la cinquantaine Musashi avait atteint selon ses propres dires l'unification avec la Voie de la Tactique, la recherche de la Voie fût pour lui achevée et dans aucun domaine il n'avait de maître.
A l’âge de 51 ans Musashi et Iori s’installèrent à Kokura sur l’île de Kyushu et y demeurèrent six années, Iori rentra au service du seigneur de Kokura. Musashi et Iori participèrent dans l’état major du seigneur de Kokura à la répression de la révolte des Chrétiens à Shimabara au nord-ouest de Kyushu. Leur courage fut remarquable.  
En 1640, Musashi alors qu’il avait 57 ans fut appelé par le seigneur de Kumamoto (au centre de Kyushu), Hosokawa Tadatoshi pour devenir son maître d’armes. Musashi et Tadatoshi se comprenaient bien entre eux. Durant son séjour Musashi écrivit un recueil Trente-cinq leçons de tactique que le seigneur lui avait commandé. Hélas le seigneur Tadatoshi mourut quelques mois plus tard des suites d’une maladie. La peine de Musashi fût grande et après ce décès, il fût toujours sombre. On raconta qu’à la fin de sa vie, un jour lors d’une visite, il avait du mal à monter la marche d’entrée de la maison, et que son hôte dut l’aider. Un autre jour, alors qu’un incendie s’était déclaré dans une rue étroite de la ville, on vit Musashi relier deux toits par une échelle et couru dessus. Ordinairement il était un vieillard comme les autres, mais lors des moments de tension il pouvait être encore vif et sagace.

Musashi passait ses jours à calligraphier, à peindre, à sculpter, à pratiquer la cérémonie du thé et à faire de la poésie. Musashi était un grand peintre à l’encre de Chine (Sumi-e). Parmi ses œuvres les plus connues, on trouve des dessins de cormorans, de hérons, un oiseau sur un arbre mort. Il sculptait aussi des statuettes de divinités japonaises. Il forgé aussi des Tsuba, la plupart de ses œuvres était signée de son nom d’artiste Niten.  
A 60 ans, il se retira en ermite dans une grotte pour écrire le Gorin no sho, ce traité est composé de 5 chapitres représentant les 5 éléments : Terre, Eau, Feu, Vent et Vide.
Dans le chapitre Terre, il explique les principes de son école et sa philosophie, la Voie de la tactique.
Dans le chapitre Eau il explique l’attitude à avoir lors d’un combat et les techniques à employer en insistant bien sur le fait que ce  qui est valable pour un combat entre 2 hommes l’est aussi pour un combat entre un millier.
Dans le chapitre Feu, il explique le déroulement d’un combat et l’importance de bien s’exercer et de se confronter à de vrais adversaires. 
Dans le chapitre du Vent, Musashi commente les techniques des autres écoles et explique leurs points forts et leurs points faibles. 
Le dernier chapitre, le Vide est la partie la plus philosophique du livre. Afin de suivre la Voie de la Tactique, Musashi préconise de pratiquer la Voie sans relâche avec sagesse et volonté, à ne songer qu’à la justice, à la clarté et à la grandeur. Et de rechercher la notion de vide mentale que l'on retrouve dans le Zen, afin de supprimer les égarements de la pensée (peur, doute, égoïsme, ...)   
Musashi voit dans la Voie, le Bien et des notions d’honnêteté, bien qu’il ait tué un grand nombre de personnes, Musashi était un homme bon et éclairé. Il était intéressé par tous les arts et les techniques d’artisanat, il disait qu’il ne fallait pas que pratiquer la Voie du Sabre, mais s’intéresser à toutes les Voies. Il côtoyait aussi des moines Zen, des artistes et des artisans, afin d’étendre ses connaissances.              

Deux ans plus tard, sentant sa fin approcher, il écrivit le 12 mai 1645 La voie à suivre seul . Ce même jour, il offrit ses sabres et sa selle à ses amis, en mémoire de lui. Puis il remit Gorin no sho à son disciple Terao Katsunobu et Trente-cinq leçons de tactique  à son autre disciple Terao Nobuyuki.

Il mourut le 19 mai, à l’âge de 62 ans. Selon sa volonté on le revêtit de son armure. Le moine qui officia ses funérailles était Shunzan du temple Taishô-ji. On dit qu’une fois son oraison funèbre terminée un grand coup de tonnerre se fit entendre dans le ciel clair. Le tombeau de Musashi se trouve à environ 6 Km au nord-est de la ville de Kumamoto à Kyushu.

La vie de Musashi fut romancé par Eiji Yoshikawa dans le roman Musashi édité en France en deux tomes La pierre et le sabre et La parfaite lumière édition J'ai lu. Le Gorin no sho, le traité des cinq roues est édité chez Albin Michel. 

Le roman de Eiji Yoshikawa a été adapté en manga «Vagabond» par Takehiko Inoue aux Éditions Tonkam.